Gli indigeni avevano una religiosità profonda; riconoscevano, accanto
ad altre divinità, l'esistenza di un essere supremo, creatore del mondo, che
chiamavano Humb-ku, che significa un solo Dio. Nelle città c'erano imponenti
centri per le funzioni religiose; bruciavano pom (incenso) e accendevano
candele, rivolti verso i 4 punti cardinali che formano una croce simbolica al
centro della quale sta l'uomo Maya, il cui colore è il verde che rappresenta
l'abbondanza del raccolto. La data e la durata delle celebrazioni era fissata
dai sacerdoti-astronomi che avevano inventato un calendario basato sulla luna,
con 18 mesi di 20 giorni oltre ad un breve mese di 5-6 giorni considerati
nefasti.
Ci sono pervenute molte testimonianze della civiltà e religiosità Maya; oltre al Popol Vuh dettato da un indigeno e scritto da fra Francisco Jimenez in lingua quiché, ci sono gli annali dei Kakchiqueles.
Il cattolicesimo è diffuso in tutta la popolazione guatemalteca. È la religione dei ladini, discendenti da un popolo cattolico; è la religione dei Maya che sono riusciti ad integrare il proprio modo di esprimersi con quello della fede dei conquistadores dando vita ad una forma di sincretismo religioso; è la religione dei Garifunas tra i quali sopravvive mescolato a credenze africane ed indigene.
Dal 1967 è iniziato l'arrivo dagli Stati Uniti delle sette evangeliche fondamentaliste praticanti l'interpretazione della Bibbia totalmente acritica e attaccata al senso letterale di ogni parola. Ad oggi raccolgono circa il 30% della popolazione e si contrappongono alla chiesa Cattolica impegnata per i cambiamenti politici e sociali.
La Chiesa Cattolica accanto ad altri organismi, ha svolto e continua a svolgere un ruolo importante nella difesa dei diritti umani. Grazie alla presenza capillare su tutto il territorio, le comunità cristiane rappresentano una vera e propria rete di comunicazione e di solidarietà. Moltissime parrocchie e diocesi hanno assunto la difesa degli indigeni e dei contadini, denunciando abusi e massacri o più spesso offrendo in silenzio solidarietà, appoggio e rifugio alle vittime.